Při nedávných povodních a záplavách došlo k úplnému nebo částečnému zničení většího počtu bytových a rodinných domů, ale i nemovitostí sloužících k podnikání zahrnutých do obchodního majetku podnikajících fyzických nebo právnických osob.

Při úplném zničení nemovitosti používané při podnikání způsobeném živelní pohromou, např. povodní, vichřicí, sesuvem půdy, skalním zřícením, bleskem, nezaviněným požárem či výbuchem apod., umožňuje zákon o daních z příjmů zahrnout do daňových nákladů celou zůstatkovou cenu zničené nemovitosti.
V případě nemovitosti zahrnuté do obchodního majetku a používané kromě podnikání i k bydlení (např. rodinný dům jehož součástí byl obchod, sklad nebo dílna) se daňově uplatní pouze poměrná část její zůstatkové ceny odpovídající proporci podnikatelského využití.

Stejný postup se použije i v případě, kdy nemovitost byla používána výhradně k podnikání a byla zničena pouze její část. Daňovým výdajem zde opět bude poměrná část zůstatkové ceny nemovitosti vztahující se ke zničené části.

Podle ustanovení § 24 odst. 2b) nelze zůstatkovou cenu uplatnit v případech, kdy je stavební dílo (dům, budova, stavba) likvidováno zcela nebo zčásti v souvislosti s výstavbou nového stavebního díla nebo jeho technickým zhodnocením.

Podle pokynu Ministerstva financí D-300 se však výše uvedené ustanovení o neuznání zůstatkové ceny likvidovaného stavebního díla nevztahuje na případy, kdy k jeho vyřazování likvidací dochází v důsledku škody způsobené živelní pohromou a zničené stavební dílo je nahrazováno dílem novým.

Ve všech zmiňovaných případech však platí, že zahrnutí zůstatkové ceny zničených nemovitostí nebo jejich částí do daňových výdajů musí být doloženo vyčíslením způsobené škody v posudku zpracovaném pojišťovnou nebo soudním znalcem.