V praxi pak často docházelo k tomu, že např. rozhodnutí o odvolání byla vydávána v poměrně dlouhých lhůtách a daňový poplatník se v případě průtahů nemohl domáhat rychlejšího vyřízení svých záležitostí.
Zákon o správě daní a poplatků od počátku roku 2007 umožňuje daňovým poplatníkům, aby se ve smyslu nového paragrafu 34c Ochrana před nečinností, domohli svého práva na dobrou správu v rámci daňového řízení.
Daňový subjekt může nyní upozornit nejblíže nadřízený orgán na postup konkrétního správce daně, jestliže se domnívá, že dotyčný správce nepostupuje při vyřizování záležitostí bez zbytečných průtahů.
Ministr financí ČR v zájmu prohloubení principu dobré správy podepsal 1. června 2007 důležitý metodický pokyn D – 308 o stanovení lhůt v daňovém řízení. Pokyn ve své první části stanoví závaznou maximální délku lhůt při vyřizování 17 různých podání daňových subjektů.
Šestiměsíční lhůta se stanoví např. pro vydání rozhodnutí o odvolání podle § 50 zákona o správě daní a poplatků nebo pro vydání rozhodnutí o prominutí daně.
Do třech měsíců musí být rozhodnuto o odvolání podle § 49 odst.1 stejného zákona či posečkání daně a o povolení splátek. Rozhodnutí o námitce v průběhu daňové kontroly, o opravě zřejmých omylů a nesprávností nebo o stížnosti na plátce daně musí správce daně vydat do 30 dnů.