Zákon o stabilizaci veřejných rozpočtů zavedl od 1. ledna 2008 tzv. regulační poplatky, které platíme u lékaře a v lékárnách za zdravotnické služby nebo zdravotnické zboží. Podle § 16a odst. 4 novely zákona o veřejném zdravotním pojištění je námi placený regulační poplatek příjmem toho zdravotnického zařízení, které ho vybralo.

Z hlediska daně z příjmů tedy regulační poplatky vchází do daňového základu příslušného zdravotnického zařízení. Pokud toto zařízení vede daňovou evidenci, jedná se o zdanitelný příjem v okamžiku zaplacení poplatku, při vedení účetnictví účtuje zdravotnické zařízení v případě pozdějšího výběru o pohledávce, a ta je daňovým výnosem v okamžiku zaúčtování bez ohledu na skutečný termín platby.

Z pohledu daně z přidané hodnoty je regulační poplatek součástí úplaty za zdravotnickou službu nebo zboží. U zdravotnických služeb a zboží, která jsou od DPH osvobozena (§58 zákona o DPH), bude celá úplata od daně osvobozena včetně regulačního poplatku. Bude tomu tak např. u třicetikorunových plateb vybíraných při návštěvě lékaře.

U zdravotnických služeb a u dodání zboží, která nejsou od DPH osvobozena, uplatní plátce daň ve výši odpovídající platné sazbě daně. Regulační poplatek hrazený pacientem je stanoven jako konečná částka, a proto je považován za částku včetně daně. Tak například při výdeji léku v hodnotě 100 Kč bude třeba odvést 9 Kč DPH z hodnoty léku a 9%, tedy 2.50 Kč, z třicetikorunového poplatku za položku na receptu. Za lék zaplatíme 139 Kč (109 + 30) a lékárna z částky odvede DPH ve výši 11,50 Kč (9 + 2.50).